Publikacja w Molecular Ecology Resources: Sekwencjonowanie nowej generacji umożliwia badania rodzin genów odpowiedzi odpornościowej u dzikożyjących kręgowców.

Badanie wielokrotnie zduplikowanych, ko-amplifikujących genów takich jak te należące do głównego kompleksu zgodności tkankowej (ang. major histocompatibility complex, MHC) jest wyzwaniem nawet w erze sekwencjonowania wysokoprzepustowego nowej generacji (ang. high-throughput sequencing, HTS lub new generation sequencing, NGS). Jednak to właśnie te geny odgrywają zasadniczą rolę w koewolucji wielu dzikożyjących gatunków i ich pasożytów, wpływają też na odporność gatunków zagrożonych wyginięciem na choroby. W ostatnim artykule w Molecular Ecology Resources (link) Alvaro Sebastian, Magdalena Migalska i Jacek Radwan (Pracownia Biologii Ewolucyjnej IBŚ) wraz z Aleksandrą Biedrzycką (Instytut Ochrony Przyrody PAN) i Heleną Westerdahl (Lund University) wykazali, że badania takich skomplikowanych rodzin genów u wolnożyjących gatunków są już możliwe, a to dzięki znacznemu podwyższeniu przepustowości nowoczesnych technik sekwencjonowania.

W badaniach wykorzystano zduplikowane próbki oraz symulację komputerową aby sprawdzić efekt liczby odczytów (500- 20 000 na próbkę uzyskaną od jednego osobnika) na powtarzalność genotypowania czterech różnych metod. Autorzy potwierdzili, że HTS jest użytecznym i dokładnym narzędziem genotypowania dziesiątek ko-amplifikujących loci, o ile otrzyma się wystarczająco wysoką liczbę odczytów (powyżej 5000 na próbkę) dla pojedynczego amplikonu. Metoda „Adjustable Clustering” wykorzystująca rozwinięty w Pracowni Biologii Ewolucyjnej program AmpliSAS (Sebastian et al. 2016) jest nie tylko najprostsza w użyciu, ale również okazała się być najbardziej powtarzalna. AmpliSAS jest dostępny on-line na stronie Pracowni Biologii Ewolucyjnej.