Sinice są stałym elementem zbiorowiska glonów planktonowych zarówno jezior o niskim jak i wysokim poziomie trofii, w tym jezior reprezentujących siedlisko 3140 Twardowodne oligo- i mezotroficzne zbiorniki z podwodnymi łąkami ramienic Charetea.
W artykule w Ecological Indicators Aleksandra Pełechata, Mariusz Pełechaty (Zakład Hydrobiologii) oraz Andrzej Pukacz (Polsko-Niemiecki Instytut Badawczy, Collegium Polonicum) porównali strukturę zbiorowisk sinic czterech jezior ramienicowych: dwóch małych, śródleśnych o niewielkim wykorzystaniu rekreacyjnym oraz dwóch dużych podlegających znacznej presji antropogenicznej. Sinice należące do Chroococcales występowały głównie w małych, śródleśnych jeziorach, podczas gdy sinice nitkowate (Oscillatoriales i Nostocales) preferowały jeziora duże, wykorzystywane rekreacyjnie ze zlewnią obciążoną działalnością człowieka. Dominację sinic stwierdzono tylko w jeziorach dużych, co znalazło również odzwierciedlenie w gorszym stanie ekologicznym w porównaniu z małymi, śródleśnymi eksosystemami. Poza intensywnie rozwijającymi się w tych ekosystemach ramienicami, czynnikami w największym stopniu wpływającymi na rozwój sinic były alkaliczność, temperatura i barwa wody a w mniejszym stopniu zawartość fosforu ogólnego oraz stosunek TN:TP.